In Totem und Tabu beschäftigt sich Freud überwiegend mit der menschlichen Inzestscheu und anderen fundamentalen Tabus. Dabei untersucht er die Riten der Naturvölker, ihre Verbote, ihre religiösen Verhaltensweisen sowie ihre angewandten Taktiken und Heiratsmechanismen, die zur Vermeidung von Inzest eingesetzt werden. Freud bezieht sich in seinem Werk auf viele berühmte Forscher seiner Zeit, wie z. B. James Frazer.
Der Psychoanalytiker versucht eine hypothetische Brücke zu bauen, die die Entstehung des Inzesttabus mit den früheren und heutigen Religionen verbindet. Weiterführende Literatur von Freud zum Thema Religion ist Der Mann Moses und die monotheistische Religion: Drei Abhandlungen (1939).
Weiterhin vergleicht Freud die Erlebnisinhalte von Naturvölkern und unseren Urahnen mit der seelischen Geisteswelt von modernen Menschen, speziell von Kindern, und Neurotikern. Aufgeteilt ist sein Werk in vier Teilbereiche:
I. Die Inzestscheu.
II. Das Tabu und die Ambivalenz der Gefühlsregungen.
III. Animismus, Magie und Allmacht der Gedanken.
IV. Die infantile Wiederkehr des Totemismus.
Der Schöpfer der Psychoanalyse vertritt die These, das Inzesttabu sei in Urzeiten entstanden, durch den Vatermord einer verstoßenen Brüdergemeinschaft, die durch Schuldgefühle und unter einem sozialen Zwang Regeln des Inzesttabus einführte, das sich im historischen Verlauf modifizierte und sich in mehrere Bereiche des gesellschaftlichen Leben manifestierte, vor allem in der Religion. Das Totem symbolisiert nach Freud den getöteten Vater, der durch die Scham und Schuldgefühle heilig erklärt wurde. Aus diesem Grund darf man sein Totem (fast immer ein Tier) nicht töten und essen wie auch Mitglieder des Totemclans nicht heiraten bzw. mit ihnen im sexuellen Kontakt stehen. Dies führte unter anderem zum Heiratsmechanismus der Exogamie. Inzest ist lediglich Göttern und deren Vertretern auf Erden, nämlich den Adligen, gestattet und nicht den Normalsterblichen. Das Totemtier darf nur bei bestimmten Zeremonien getötet und verspeist werden, diese Orgien stellen für Freud eine kulturell erlaubte Triebabfuhr dar, welche den verdrängten Vatermord und eine identifizierende Einverleibung desselben darstellen soll. Diese religiösen Zeremonien findet man nach Freud u. a. in der christlichen Religion, wenn man bei der Messe das Blut Christi trinkt und dessen Leib verspeist.
Freud meint, dass der Mensch während seiner frühen Ontogenese in abgeschwächter Form dieses phylogenetische Trauma wiederholt, was sich im Ödipuskomplex niederschlägt. Interessant ist, dass Freud zwar ein angeborenes Inzestverbot ablehnt, er aber annimmt, bestimmte, rudimentäre Inhalte aus den Erlebnisinhalten unserer Urahnen seien in der Psyche verankert, die sich in bestimmten Reaktionen niederschlagen können; wie etwa dass Kinder während der phallischen Phase ein überdurchschnittlich strenges Über-Ich aufbauen, welches die reale Androhung von Bestrafung der Eltern weit übertrifft. Freud erklärt diese Verhaltensweise evolutionär, da er meint, „der Vater der Vorzeit“ wendete mit Bestimmtheit drakonische Bestrafungsmittel an, er „war gewiß fürchterlich, und ihm durfte man das äußerste Maß von Aggression zumuten“ (s. hierzu Das Unbehagen in der Kultur).
